Sau Khi sáp nhập Xí nghiệp thủy nông Móng Cái và Xí nghiệp đầu mối Tràng Vinh, kể từ ngày 11/07/2023 Công ty TNHH 1TV thủy lợi miền đông Quảng Ninh được tổ chức có 04 đơn vị trực thuộc là: (1) Xí nghiệp thủy nông Móng Cái; (2) Trạm thủy nông Hải Hà; (3) Trạm thủy nông Đầm Hà; (4) Xí nghiệp thủy nông Tiên Yên. Có 05 phòng chuyên môn: (1) Phòng Kế toán-Tài vụ ( KT-TV ); (2) Phòng Quản lý nước và Công trình ( QLN&CT); (3) Phòng Tổ chức-Hành chính (TC-HC); (4) Phòng Kỹ thuật-Xây dựng (KT-XD); (5) Phòng Kế hoạch-Kinh doanh (KH-KD)